O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que o foco em um único protagonista não afetará significativamente sua experiência. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que priorizar um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele alterna entre os personagens, jogando de 3 a 5 horas com um antes de mudar para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não serão significativamente desfavorecidos, favorecendo um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a interpretar como seu personagem preferido:
"A jogabilidade principal permanece consistente, independentemente de sua escolha. Você não perderá pontos cruciais da trama, concentrando -se em um. Cada personagem tem sua própria introdução e missões pessoais, mas a história geral se ajusta à sua preferência. Jogue seu favorito; a narrativa será siga o exemplo. "