Le développeur principal d'Assassin's Creed Shadows assure aux joueurs que se concentrer sur un seul protagoniste n'aura pas d'impact significatif sur leur expérience. Le jeu présente deux personnages jouables: Naoe, une femme Shinobi, et Yasuke, un samouraï africain historique, dont l'inclusion a généré une discussion pré-libérée.
Des inquiétudes se sont présentées selon lesquelles la priorisation d'un personnage pourrait conduire à des éléments d'histoire manqués ou à un gameplay. Le directeur créatif Jonathan Dumont a répondu à ces préoccupations, décrivant sa propre approche équilibrée: il bascule entre les personnages, jouant 3-5 heures avec l'un avant de passer à l'autre pendant 2-3 heures.
Cependant, Dumont a précisé que les joueurs ne seront pas significativement désavantagés en favorisant un personnage. Alors que chaque protagoniste possède des séquences d'ouverture uniques et des scénarios personnels, le récit du jeu s'adapte au choix du joueur. Il encourage les joueurs à jouer comme personnage préféré:
"Le gameplay de base reste cohérent quel que soit votre choix. Vous ne manquerez pas les points de l'intrigue cruciaux en vous concentrant sur un. faire de même."
