Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain yang memberi tumpuan kepada protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul bahawa mengutamakan satu watak mungkin membawa kepada elemen cerita yang tidak dijawab atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia beralih antara watak, bermain 3-5 jam dengan satu sebelum beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menjelaskan bahawa pemain tidak akan kurang bernasib baik dengan memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain bermain sebagai watak pilihan mereka:
"Permainan teras tetap konsisten tanpa mengira pilihan anda. Anda tidak akan terlepas titik plot penting dengan memberi tumpuan kepada satu. Setiap watak mempunyai pengenalan dan pencarian peribadi mereka sendiri, tetapi cerita keseluruhan menyesuaikan diri dengan keutamaan anda. Mainkan kegemaran anda; ikuti saman. "
