Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che concentrarsi su un singolo protagonista non avranno un impatto significativo sulla loro esperienza. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, la cui inclusione ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni sul fatto che la priorità di un personaggio potrebbe portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: cambia tra i personaggi, giocando 3-5 ore con uno prima di passare all'altro per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont ha chiarito che i giocatori non saranno significativamente svantaggiati favorendo un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a giocare come personaggio preferito:
"Il gameplay di base rimane coerente indipendentemente dalla tua scelta. Non perderai punti cruciali della trama concentrandosi su uno. Ogni personaggio ha la propria introduzione e missioni personali, ma la storia generale si adatta alla tua preferenza. Gioca al tuo preferito; la narrazione lo farà Segui l'esempio. "