हत्यारे के क्रीड शैडोज़ के प्रमुख डेवलपर ने खिलाड़ियों को आश्वासन दिया है कि एक ही नायक पर ध्यान केंद्रित करना उनके अनुभव को महत्वपूर्ण रूप से प्रभावित नहीं करेगा। खेल में दो खेलने योग्य पात्र हैं: नाओ, एक महिला शिनोबी, और यासुके, एक ऐतिहासिक अफ्रीकी समुराई, जिनके समावेश ने पूर्व-रिलीज़ चर्चा उत्पन्न की है।
चिंताएं पैदा हुईं कि एक चरित्र को प्राथमिकता देने से कहानी के तत्वों या गेमप्ले को याद किया जा सकता है। क्रिएटिव डायरेक्टर जोनाथन ड्यूमॉन्ट ने इन चिंताओं को संबोधित किया, अपने स्वयं के संतुलित दृष्टिकोण का वर्णन करते हुए: वह पात्रों के बीच स्विच करता है, 2-3 घंटे के लिए दूसरे पर स्विच करने से पहले एक के साथ 3-5 घंटे खेलता है।
हालांकि, ड्यूमॉन्ट ने स्पष्ट किया कि खिलाड़ियों को एक चरित्र का पक्ष लेने से काफी वंचित नहीं किया जाएगा। जबकि प्रत्येक नायक अद्वितीय उद्घाटन अनुक्रमों और व्यक्तिगत स्टोरीलाइन का दावा करता है, खेल की कथा खिलाड़ी की पसंद के लिए अनुकूल है। वह खिलाड़ियों को अपने पसंदीदा चरित्र के रूप में खेलने के लिए प्रोत्साहित करता है:
"कोर गेमप्ले आपकी पसंद की परवाह किए बिना सुसंगत रहता है। आप एक पर ध्यान केंद्रित करके महत्वपूर्ण प्लॉट पॉइंट्स को याद नहीं करेंगे। प्रत्येक चरित्र का अपना परिचय और व्यक्तिगत quests है, लेकिन समग्र कहानी आपकी प्राथमिकता के लिए समायोजित होती है। अपनी पसंदीदा खेलें; कथा होगी; अनुकरण करना।"